TY - JOUR AU - Havel, J. J. AU - Chowell, D. AU - Chan, T. A. PY - 2019 DA - 2019// TI - The evolving landscape of biomarkers for checkpoint inhibitor immunotherapy JO - Nat Rev Cancer VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/s41568-019-0116-x DO - 10.1038/s41568-019-0116-x ID - Havel2019 ER - TY - JOUR AU - Cristescu, R. a. z. v. a. n. AU - Mogg, R. o. b. i. n. AU - Ayers, M. a. r. k. AU - Albright, A. n. d. r. e. w. AU - Murphy, E. r. i. n. AU - Yearley, J. e. n. n. i. f. e. r. AU - Sher, X. i. n. w. e. i. AU - Liu, X. i. a. o. Q. i. a. o. AU - Lu, H. o. n. g. c. h. a. o. AU - Nebozhyn, M. i. c. h. a. e. l. AU - Zhang, C. h. u. n. s. h. e. n. g. AU - Lunceford, J. a. r. e. d. K. AU - Joe, A. n. d. r. e. w. AU - Cheng, J. o. n. a. t. h. a. n. AU - Webber, A. n. d. r. e. a. L. AU - Ibrahim, N. a. g. e. a. t. t. e. AU - Plimack, E. l. i. z. a. b. e. t. h. R. AU - Ott, P. a. t. r. i. c. k. A. AU - Seiwert, T. a. n. g. u. y. Y. AU - Ribas, A. n. t. o. n. i. AU - McClanahan, T. e. r. r. i. l. l. K. AU - Tomassini, J. o. a. n. n. e. E. AU - Loboda, A. n. d. r. e. y. AU - Kaufman, D. a. v. i. d. PY - 2018 DA - 2018// TI - Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade–based immunotherapy JO - Science VL - 362 UR - https://doi.org/10.1126/science.aar3593 DO - 10.1126/science.aar3593 ID - Cristescu2018 ER - TY - JOUR AU - Ott, P. A. AU - Bang, Y. J. AU - Piha-Paul, S. A. AU - Razak, A. R. A. AU - Bennouna, J. AU - Soria, J. C. PY - 2019 DA - 2019// TI - T-cell-inflamed gene-expression profile, programmed death ligand 1 expression, and tumor mutational burden predict efficacy in patients treated with Pembrolizumab across 20 cancers: KEYNOTE-028 JO - J Clin Oncol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2018.78.2276 DO - 10.1200/JCO.2018.78.2276 ID - Ott2019 ER - TY - JOUR AU - Marcus, L. AU - Lemery, S. J. AU - Keegan, P. AU - Pazdur, R. PY - 2019 DA - 2019// TI - FDA approval summary: Pembrolizumab for the treatment of microsatellite instability-high solid tumors JO - Clin Cancer Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-18-4070 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-18-4070 ID - Marcus2019 ER - TY - JOUR AU - Hellmann, M. D. AU - Ciuleanu, T. E. AU - Pluzanski, A. AU - Lee, J. S. AU - Otterson, G. A. AU - Audigier-Valette, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Nivolumab plus Ipilimumab in lung Cancer with a high tumor mutational burden JO - N Engl J Med VL - 378 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1801946 DO - 10.1056/NEJMoa1801946 ID - Hellmann2018 ER - TY - JOUR AU - Mok, T. S. K. AU - Wu, Y. L. AU - Kudaba, I. AU - Kowalski, D. M. AU - Cho, B. C. AU - Turna, H. Z. PY - 2019 DA - 2019// TI - Pembrolizumab versus chemotherapy for previously untreated, PD-L1-expressing, locally advanced or metastatic non-small-cell lung cancer (KEYNOTE-042): a randomised, open-label, controlled, phase 3 trial JO - Lancet VL - 393 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(18)32409-7 DO - 10.1016/S0140-6736(18)32409-7 ID - Mok2019 ER - TY - JOUR AU - Riaz, N. AU - Havel, J. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Recurrent SERPINB3 and SERPINB4 mutations in patients who respond to anti-CTLA4 immunotherapy JO - Nature genetics VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3677 DO - 10.1038/ng.3677 ID - Riaz2016 ER - TY - JOUR AU - Chiappinelli, K. B. AU - Zahnow, C. A. AU - Ahuja, N. AU - Baylin, S. B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Combining epigenetic and immunotherapy to combat Cancer JO - Cancer Res VL - 76 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-15-2125 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-15-2125 ID - Chiappinelli2016 ER - TY - JOUR AU - Dunn, J. AU - Rao, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Epigenetics and immunotherapy: the current state of play JO - Mol Immunol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1016/j.molimm.2017.04.012 DO - 10.1016/j.molimm.2017.04.012 ID - Dunn2017 ER - TY - JOUR AU - Jones, P. A. AU - Ohtani, H. AU - Chakravarthy, A. AU - Carvalho, D. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - Epigenetic therapy in immune-oncology JO - Nature Reviews Cancer VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/s41568-019-0109-9 DO - 10.1038/s41568-019-0109-9 ID - Jones2019 ER - TY - JOUR AU - Dedeurwaerder, S. AU - Desmedt, C. AU - Calonne, E. AU - Singhal, S. K. AU - Haibe-Kains, B. AU - Defrance, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - DNA methylation profiling reveals a predominant immune component in breast cancers JO - EMBO Mol Med VL - 3 UR - https://doi.org/10.1002/emmm.201100801 DO - 10.1002/emmm.201100801 ID - Dedeurwaerder2011 ER - TY - JOUR AU - Duruisseaux, M. AU - Martinez-Cardus, A. AU - Calleja-Cervantes, M. E. AU - Moran, S. AU - Castro de Moura, M. AU - Davalos, V. PY - 2018 DA - 2018// TI - Epigenetic prediction of response to anti-PD-1 treatment in non-small-cell lung cancer: a multicentre, retrospective analysis JO - Lancet Respir Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/S2213-2600(18)30284-4 DO - 10.1016/S2213-2600(18)30284-4 ID - Duruisseaux2018 ER - TY - JOUR AU - Meng, H. AU - Cao, Y. AU - Qin, J. AU - Song, X. AU - Zhang, Q. AU - Shi, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - DNA methylation, its mediators and genome integrity JO - Int J Biol Sci VL - 11 UR - https://doi.org/10.7150/ijbs.11218 DO - 10.7150/ijbs.11218 ID - Meng2015 ER - TY - JOUR AU - Smith, Z. D. AU - Meissner, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA methylation: roles in mammalian development JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3354 DO - 10.1038/nrg3354 ID - Smith2013 ER - TY - JOUR AU - Cerami, E. AU - Gao, J. AU - Dogrusoz, U. AU - Gross, B. E. AU - Sumer, S. O. AU - Aksoy, B. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data JO - Cancer Discov VL - 2 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-12-0095 DO - 10.1158/2159-8290.CD-12-0095 ID - Cerami2012 ER - TY - JOUR AU - Gao, J. AU - Aksoy, B. A. AU - Dogrusoz, U. AU - Dresdner, G. AU - Gross, B. AU - Sumer, S. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal JO - Sci Signal VL - 6 UR - https://doi.org/10.1126/scisignal.2004088 DO - 10.1126/scisignal.2004088 ID - Gao2013 ER - TY - JOUR AU - Janjigian, Y. Y. AU - Sanchez-Vega, F. AU - Jonsson, P. AU - Chatila, W. K. AU - Hechtman, J. F. AU - Ku, G. Y. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genetic predictors of response to systemic therapy in Esophagogastric Cancer JO - Cancer Discov VL - 8 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-17-0787 DO - 10.1158/2159-8290.CD-17-0787 ID - Janjigian2018 ER - TY - JOUR AU - Rizvi, H. AU - Sanchez-Vega, F. AU - La, K. AU - Chatila, W. AU - Jonsson, P. AU - Halpenny, D. PY - 2018 DA - 2018// TI - Molecular determinants of response to anti-programmed cell death (PD)-1 and anti-programmed death-ligand 1 (PD-L1) blockade in patients with non-small-cell lung Cancer profiled with targeted next-generation sequencing JO - J Clin Oncol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2017.75.3384 DO - 10.1200/JCO.2017.75.3384 ID - Rizvi2018 ER - TY - JOUR AU - Rizvi, N. A. AU - Hellmann, M. D. AU - Snyder, A. AU - Kvistborg, P. AU - Makarov, V. AU - Havel, J. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cancer immunology. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa1348 DO - 10.1126/science.aaa1348 ID - Rizvi2015 ER - TY - JOUR AU - Snyder, A. AU - Makarov, V. AU - Merghoub, T. AU - Yuan, J. AU - Zaretsky, J. M. AU - Desrichard, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma JO - N Engl J Med VL - 371 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1406498 DO - 10.1056/NEJMoa1406498 ID - Snyder2014 ER - TY - JOUR AU - Allen, E. M. AU - Miao, D. AU - Schilling, B. AU - Shukla, S. A. AU - Blank, C. AU - Zimmer, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genomic correlates of response to CTLA-4 blockade in metastatic melanoma JO - Science VL - 350 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad0095 DO - 10.1126/science.aad0095 ID - Allen2015 ER - TY - JOUR AU - Miao, D. AU - Margolis, C. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genomic correlates of response to immune checkpoint blockade in microsatellite-stable solid tumors JO - Nature genetics VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0200-2 DO - 10.1038/s41588-018-0200-2 ID - Miao2018 ER - TY - JOUR AU - Samstein, R. M. AU - Lee, C. H. AU - Shoushtari, A. N. PY - 2019 DA - 2019// TI - Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types JO - Nature genetics VL - 51 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0312-8 DO - 10.1038/s41588-018-0312-8 ID - Samstein2019 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Lichtenberg, T. AU - Hoadley, K. A. AU - Poisson, L. M. AU - Lazar, A. J. AU - Cherniack, A. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - An integrated TCGA pan-Cancer clinical data resource to drive high-quality survival outcome analytics JO - Cell VL - 173 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.052 DO - 10.1016/j.cell.2018.02.052 ID - Liu2018 ER - TY - JOUR AU - Yarchoan, M. AU - Hopkins, A. AU - Jaffee, E. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Tumor mutational burden and response rate to PD-1 inhibition JO - N Engl J Med VL - 377 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMc1713444 DO - 10.1056/NEJMc1713444 ID - Yarchoan2017 ER - TY - JOUR AU - Ellrott, K. AU - Bailey, M. H. AU - Saksena, G. AU - Covington, K. R. AU - Kandoth, C. AU - Stewart, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Scalable Open Science approach for mutation calling of tumor exomes using multiple genomic pipelines JO - Cell Syst VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.cels.2018.03.002 DO - 10.1016/j.cels.2018.03.002 ID - Ellrott2018 ER - TY - JOUR AU - Thorsson, V. AU - Gibbs, D. L. AU - Brown, S. D. AU - Wolf, D. AU - Bortone, D. S. AU - Ou Yang, T. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - The immune landscape of Cancer JO - Immunity VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2018.03.023 DO - 10.1016/j.immuni.2018.03.023 ID - Thorsson2018 ER - TY - JOUR AU - Becht, E. AU - Giraldo, N. A. AU - Lacroix, L. AU - Buttard, B. AU - Elarouci, N. AU - Petitprez, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-1070-5 DO - 10.1186/s13059-016-1070-5 ID - Becht2016 ER - TY - JOUR AU - Rooney, M. S. AU - Shukla, S. A. AU - Wu, C. J. AU - Getz, G. AU - Hacohen, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Molecular and genetic properties of tumors associated with local immune cytolytic activity JO - Cell VL - 160 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.12.033 DO - 10.1016/j.cell.2014.12.033 ID - Rooney2015 ER - TY - JOUR AU - Hanzelmann, S. AU - Castelo, R. AU - Guinney, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data JO - BMC Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-7 DO - 10.1186/1471-2105-14-7 ID - Hanzelmann2013 ER - TY - JOUR AU - Gao, J. AU - Chang, M. T. AU - Johnsen, H. C. AU - Gao, S. P. AU - Sylvester, B. E. AU - Sumer, S. O. PY - 2017 DA - 2017// TI - 3D clusters of somatic mutations in cancer reveal numerous rare mutations as functional targets JO - Genome Med VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-016-0393-x DO - 10.1186/s13073-016-0393-x ID - Gao2017 ER - TY - JOUR AU - Hause, R. J. AU - Pritchard, C. C. AU - Shendure, J. AU - Salipante, S. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Classification and characterization of microsatellite instability across 18 cancer types JO - Nat Med VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/nm.4191 DO - 10.1038/nm.4191 ID - Hause2016 ER - TY - JOUR AU - Baretti, M. AU - Le, D. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - DNA mismatch repair in cancer JO - Pharmacol Ther VL - 189 UR - https://doi.org/10.1016/j.pharmthera.2018.04.004 DO - 10.1016/j.pharmthera.2018.04.004 ID - Baretti2018 ER - TY - JOUR AU - Overman, M. J. AU - Lonardi, S. AU - Wong, K. Y. M. AU - Lenz, H. J. AU - Gelsomino, F. AU - Aglietta, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Durable clinical benefit with Nivolumab plus Ipilimumab in DNA mismatch repair-deficient/microsatellite instability-high metastatic colorectal Cancer JO - J Clin Oncol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2017.76.9901 DO - 10.1200/JCO.2017.76.9901 ID - Overman2018 ER - TY - JOUR AU - Overman, M. J. AU - McDermott, R. AU - Leach, J. L. AU - Lonardi, S. AU - Lenz, H. J. AU - Morse, M. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Nivolumab in patients with metastatic DNA mismatch repair-deficient or microsatellite instability-high colorectal cancer (CheckMate 142): an open-label, multicentre, phase 2 study JO - Lancet Oncol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S1470-2045(17)30422-9 DO - 10.1016/S1470-2045(17)30422-9 ID - Overman2017 ER - TY - STD TI - Le D, Kavan P, Kim T, Burge M, Van Cutsem E, Hara H, et al. O-021Safety and antitumor activity of pembrolizumab in patients with advanced microsatellite instability–high (MSI-H) colorectal cancer: KEYNOTE-164. Ann Oncol. 2018;29(suppl_5). ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Diaz, L. u. i. s. A. AU - Marabelle, A. u. r. e. l. i. e. n. AU - Delord, J. e. a. n. -. P. i. e. r. r. e. AU - Shapira-Frommer, R. o. n. n. i. e. AU - Geva, R. a. v. i. t. AU - Peled, N. i. r. AU - Kim, T. a. e. W. o. n. AU - Andre, T. h. i. e. r. r. y. AU - Van Cutsem, E. r. i. c. AU - Guimbaud, R. o. s. i. n. e. AU - Jaeger, D. i. r. k. AU - Elez, E. l. e. n. a. AU - Yoshino, T. a. k. a. y. u. k. i. AU - Joe, A. n. d. r. e. w. K. AU - Lam, B. a. o. h. o. a. n. g. AU - Gause, C. h. r. i. s. t. i. n. e. K. AU - Pruitt, S. c. o. t. t. K. n. o. w. l. e. s. AU - Kang, S. P. e. t. e. r. AU - Le, D. u. n. g. T. PY - 2017 DA - 2017// TI - Pembrolizumab therapy for microsatellite instability high (MSI-H) colorectal cancer (CRC) and non-CRC JO - Journal of Clinical Oncology VL - 35 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2017.35.15_suppl.3071 DO - 10.1200/JCO.2017.35.15_suppl.3071 ID - Diaz2017 ER - TY - JOUR AU - Teo, M. Y. AU - Seier, K. AU - Ostrovnaya, I. AU - Regazzi, A. M. AU - Kania, B. E. AU - Moran, M. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Alterations in DNA damage response and repair genes as potential marker of clinical benefit from PD-1/PD-L1 blockade in advanced urothelial cancers JO - J Clin Oncol VL - 36 UR - https://doi.org/10.1200/JCO.2017.75.7740 DO - 10.1200/JCO.2017.75.7740 ID - Teo2018 ER - TY - JOUR AU - Tsao, M. S. AU - Kerr, K. M. AU - Kockx, M. AU - Beasley, M. B. AU - Borczuk, A. C. AU - Botling, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - PD-L1 immunohistochemistry comparability study in real-life clinical samples: results of blueprint phase 2 project JO - J Thorac Oncol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.jtho.2018.05.013 DO - 10.1016/j.jtho.2018.05.013 ID - Tsao2018 ER - TY - JOUR AU - Addeo, A. l. f. r. e. d. o. AU - Banna, G. i. u. s. e. p. p. e. L. AU - Weiss, G. l. e. n. J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Tumor Mutation Burden—From Hopes to Doubts JO - JAMA Oncology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2019.0626 DO - 10.1001/jamaoncol.2019.0626 ID - Addeo2019 ER -